Quella che seguì alla morte di Morrison fu una serie interminabiel di strani avvenimenti, probabili cospirazioni e notizie surreali, che trovarono ampio spazio sui giornali e nelle biografie dedicate all'artista. Il primo a scatenare questa ondata fu il giornalista Robert Hilburn con un articolo pubblicato sul "Los Angeles Times" pochi giorni dopo il decesso, intitolato "Perchè le notizie sulla morte di Morrison ritardano?". In più, pochi giorni dopo fu intervistato il medico personale di Jim, il dottor Derwin, il quale dichiarò che Morrison era in eccellente stato di salute prima della sua partenza per la Francia. Tale notizia però è stata smentita da una inchiesta della rivista francese "Mondo2000", nel 1991. Gli autori riscirono a recuperare una cartella clinica di Jim dove risultava che, nell'autunno 1970, Morrison soffrisse da tempo di gonorrea, e veniva confermata la presenza di un adenoma dell'uretra penile, una forma maligna di cancro.
La sepoltura, avvenuta in tutta fretta e in silenzio, fece nascere seri dubbi nell'opinione pubblica sulla sua veridicità, sia perchè difficilmente personaggi stranieri venivano sepolti a Pére Lachaise, sia perchè il posto dedicato al tumulo, era, a detta anche di John Densmore, il batterista della band, troppo piccolo.
Nei primi due anni dopo la sua scomparsa, Jim Morrison, come già capito ad Elvis, fu al centro di numerosi avvistamenti, molti dei quali decisamente fantasiosi, altri forse più attendibili.
Nel 1980 uscì un libro, scritto da due amici molto cari di Morrison, Jerry Hopkins e Danny Sugerman, dal titolo "Nessuno uscirà vivo di Qui" (In Italia: 1981, Gammalibri). Esso diventerà la più famosa biografia del Re Lucertola, e soprattutto la prima biografia dove verranno sollevati alcuni leciti dubbi sulla sua morte, così avvolta dal mistero. Nel giugno dell'anno seguente è il turno di un altro grande amico di Morrison, Tom Baker, che dichiarò in un articolo apparso su "High Times": "Sono molto tentato di credere alle voci che Jim abbia messo in scena la sua morte".
È risaputo, in effetti, che Jim aveva fantasticato più volte sulla possibilità di fingere la sua morte. Ne cominciò a parlare sin dal 1967, trovandola una buona trovata pubblicitaria; come se non bastasse aveva confidato proprio in quegli anni a Hopkins e Sugerman che aveva iniziato seriamente a prendere in considerazione l'ipotesi di cambiare carriera in modo radicale, riapparendo come un uomo d'affari in giacca e cravatta.
Le varie teorie si sono sprecate, e non potevano certo mancare quella occulta e quella più vicina allo spionaggio. Secondo un articolo apparso sulla rivista scandinava "Dagblatte", Jim fu una vera e propria vittima del servizio segreto francese che si operò per assassinarlo, far sparire il cadavere nel più breve tempo possibile, e convincere una persona (Pamela) a dare una versione dei fatti che non poteva essere smentita.
Nel 1986 fece scalpore un libro, ad opera dello scrittore francese Jacques Rochard, che riaprì il caso sulla morte del Re Lucertola. "Vivo!" recita il titolo, e vorrebbe farci credere che in realtà l'ex leader dei Doors sia vivo e vegeto, e lui stesso lo avrebbe incontrato diverse volte. Jim gli avrebbe spiegato che avrebbe inscenato la sua morte per sfuggire alle pressioni della sua vita da divo, per poter meglio dedicarsi alla sua passione più grande: la poesia.